本作与生化危机系列不同作品的情节是里昂在回忆时才会从《哈维尔作战》切换至《失落城市的回忆》或《被遗忘的游戏》。但全部的关卡破完后，玩家根据自己的喜好选择不同章节游玩。玩家在不同的章节会控制不同的主角，例如选择《哈维尔作战》就会控制里昂·S·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）及杰克·克劳萨（Jack Krauser），选择《被遗忘的游戏》游戏前半会控制克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield）及史蒂夫·伯恩赛德（Steve Burnside），游戏后半则会控制克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield）及克里斯·雷德菲尔德（Chris Redfield）。
本作与《生化危机 安布雷拉编年史》一样，也采第一人称视点游玩，并且可以由两位玩家一齐游玩，未达两人时，另一方由电脑替代。弹药虽然在任何状况下都是共用的，但血量是分开的。在游戏中可以获得武器、弹药、金钱，也可以用金钱强化自己所获得的武器的威力或换弹速度。各关破坏东西、打死敌人所得到的总额以分数表示，每玩完一个小章节就会做个分数统计。
在隐藏要素中，可以玩所谓的“豆腐关卡”，也就是所有的僵尸都变成豆腐袭击玩家，而玩家要想办法生存。只要玩家达成过关评价 S 级，就有机会得到主角们的隐藏服装。
背景设定
《暗黑编年史》的故事基础为生化危机系列的历史剧情和《暗黑编年史》的独创剧情。主要是补完《生化危机 2》和《代号：维罗妮卡》的故事。
暗黑编年史原创剧情
《哈维尔作战》（Operation Javier），故事发生在 2002 年，也就是系列作《生化危机 4》故事的两年前。男主角里昂·斯科特·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）与他的战友杰克·克劳萨（Jack Krauser）因为收到了安布雷拉公司的研究人员潜逃到南美洲的消息，而将在南美洲的一个小国家，执行他们的调查任务。
生化危机系列历史剧情
《生化危机 2》的内容，故事发生于 1998 年 9 月 29 日，刚当上警察的里昂·斯科特·肯尼迪（Leon Scott Kennedy）与克莱尔·雷德菲尔德（Claire Redfield），在浣熊市展开他们的亡命之旅。
《生化危机 代号：维罗妮卡》的内容，1998 年 12 月，为了寻找哥哥而前往安布雷拉公司巴黎分部进行调查的克莱尔·雷德菲尔德，却被逮捕监禁于洛克福特岛（Rockford Island）刑务所，她要与史蒂夫‧伯恩赛德（Steve Burnside）一起离开这与外界隔绝的地方。
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※ 内容贡献者名单：K.exe
